1996-cı ildə Türkiyənin Antalya şəhərində keçirilən növbəti Türk Ulusal Gastroenteroji Konqresində bir qrup görkəmli türk və türkdilli ölkələrdən Konqresə dəvət olunmuş alimlər ilə görüşlər zamanı Avrasiya Qastroenteroloji Dərnəyin yaradılması və ana dərnəyin Ankarada olması barədə razılıq əldə edilmişdir.

Qısa müddət ərzində yaradılmış elmi Dərnəyin nizamnaməsı qəbul olunmuşdur. Dərnəyin ilk hüqüqi üzvləri Türkiyə, Azərbaycan, Qazaxıstan, Özbəkistan, Qırğızıstan, Türkmənistan və Şimali Kipr müəyyən edilmişdir. Yeni qurumun nizamnaməsində türkdilli xalqların və dövlətlərin alim-qastroenteroloqlar arasında sıx elmi əlaqələrin yardılması, daimi fikir və təcrübə mübadiləsinin aparılması, bir-birini əldə etdikləri nailiyyətlər ilə tanış etməsi, həkim-mütəxəssislərin təkmilləşdirməsinə yardım göstərilməsi kimi məqsəd və vəzifələr qarşıya qoyulmuşdur. Bu məsələlərin həlli üçün  ildə bir dəfə Dərnəyin üzvü olan ölkələrin birində elmi Kongreslərin keçirilməsi qərara alınmışdır. Dərnəyin sədri Hacettepe Universitetinin professoru Yusuf Bayraktar, rəyasət heyətinin üzvləri isə öz ölkələrində tanınmış alimlər Böyükkişi Ağayev (Azərbaycan), Firuz Nazırov (Özbəkistan), Mambet Mamakeyev (Qırğızstan), Abay Kulcabayev (Qazaxıstan) seçilmişdilər.

Dərnəyin ilk Beynəlxalq Avrasiya Kongresi 1997-ci ildə Azərbaycanın paytaxtı Bakı şəhərində, «Abşeron» otelinin konfrans zalında keçirilmişdir.Azərbaycan hökümətinin dəstəyi ilə keçirilən bu kongresdə 5 ölkədən 35 xarici və 500-ə yaxın azərbaycanlı alim və həkimlər iştirak etmişdir. 

Sonrakı illərdə Beynəlxalq Avrasiya Kongresləri  Qazaxıstanda (1998), Türkiyyədə (1999),  Özbəkistanda (2000), Qırğızıstanda (2001), yenə də Azərbaycanda (2003) keçirilmişdir.

2004-cü ildə Ankarada keçirilən növbəti Avrasiya Gastroenteroloji Kongresində dərnəyin yeni rəhbərliyi və rəyasət heyətinin üzvləri görüşlər keçirmiş və müxtəlif məsələləri müzakirə etmişdilər. Belə ki, həmin görüşlər zamanı aparılan işlərin formatında dəyişikliklərin aparılması barədə fikirlər dinlənilmişdir.  Xüsusilə bildirilmişdir ki, Dərnək tərəfindən təşkil olunan elmi tədbirlərə digər ölkələrin qastroenteroloqları da  böyük maraq göstərirlər və onların nümayəndələri Avrasiya Gastroenteroloji Dərnəyə üzv kimi qəbul edilməsi üçün müraciət edirlər. Bunları nəzərə alaraq Dərnəyə həqiqi üzv kimi Ukraina, Gürcüstan, İran, Rusiya, Pakistan, Bosna və Herzeqovin, Misir, Albaniya, Moldova və d. ölkələr daxil edilmişdilər. Məhz bununla əlaqədar növbəti kongreslər yeni üzv olmuş ölkələrdə (Gürcüstan -2005 və İranda- 2007) uğurla təşkil olunmuşdur. Hal-hazırda bu assosiasiyaya üzv kimi 27 ölkə daxildir.

Azərbaycan cərrah və qastroenteroloqları Avrasiya  Gastroenteroloji Dərnəyinin ilk  yarandığı gündən apardığı işlərdə fəal iştirak edən tərəflərdən biridir. Dərnəyin qurulmasında  Azərbaycan elminin görkəmli xadimi, akademik Böyükkişi Ağayevin   əvəzedilməz rolu olmuşdur. B.Ağayevin sədrliyi altında Avrasiya  Cərrahiyyə və Gastroenterologiya  kongresləri  6 dəfə (1997, 2003, 2006, 2008, 2011, 2013)  Bakıda təşkil olunmuşdur. 

Əgər Bakıda keçirilən ilk kongreslərə  əsas etibarı ilə yerli həkimlər qatılırdısa, 2013-cü ildə kecirilmiş tədbirdə 25 ölkəni təmsil edən 160-dan cox xaricdən gəlmiş alim və mütəxəssislər iştirak etmişdirlər və öz mühazirələri ilə  azərbaycanlı kongress iştirakçıları qarşısında  elmi nailiyyətləri haqqında  məlumatlar vermişdilər.   Tanınmış türk alimləri M.Haberal, H.Özkan, A.Dökməci, S.Ünal, N.Örmeci, İ.Balik, Y.Bayraktar, S.Yılmaz və başqaları ilə bərabər Bakıda müxtəlif illərdə keçirilən tədbirlərə dünyada tanınmış alimlər A.Nakao, F.Akbar və H.Miroyama (Yaponiya), Y.Lıgıdakıs (Yunanıstan), R.Giş və S.Gupta (ABŞ), M.Farting (İngiltərə), F.Ezzat və A.Sami (Almaniya), M.Abdel Vahab (Misir), E.Galperin (Rusiya), A.Hacibayev (Özbıkistan), E.Geric (Ukrayna), M.Al Mahtab (Bangladeş) və başqaları  qatılmışdırlar.

Qeyd edildiyi kimi Beynəlxalq Avrasiya Cərrahiyyə və Qastroenterologiya Konqresi hər il bir ölkədə keçirilir və bu ilin mart ayında növbəti konqres Xorvatiyada keçirilmişdir. Lakin Avrasiya Cərrahiyyə və Qastroenterologiya Konqresinin yaradılmasında və fəaliyyətində misilsiz xidmətlərini və 90 illik yubileyini nəzərə alaraq növbədənkənar XVIII Beynəlxalq Avrasiya Cərrahiyyə və Hepatoqastroenterologiya Konqresinin akademik Böyükkişi Ağa oğlu Ağayevin xatirəsinə həsr olunması və forumun 11-14 sentyabr 2019-cu ildə Bakı şəhərində keçirilməsi Assosiasiyanın Rəyasət heyəti tərəfindən qərara alınmışdır. 

Beləliklə konqres 11-14 sentyabr ayında Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin, Azərbaycan Cərrah və Qastroenteroloqlar İctimai Birliyinin, Azərbaycan Tibb Universitetinin, Avrasiya Qastroentroloji Assosiasiyasının və akad. M.A.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyyə Mərkəzinin təşkilatçılığı ilə ATU-nun üç korpusundakı böyük konfrans zallarında keçirildi. Konqresdə iştirak etmək üçün 1072 nəfər qeydiyyatdan keçmişdir ki, onlardan 206 nəfər 27 ölkəni təmsil ediblər. Konqresin təntənəli açılış mərasimində çıxış edən Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirinin müavini cənab Elsevər Ağayev Avrasiya Cərrahiyyə və Qastroenterologiya konqresinin tarixi barədə qısa məlumat verdikdən sonra cari konqresin mərhum akademik B.A.Ağayevin xatirəsinə həsr olunmasının təsadüfü olmadığını vurğulayaraq onun xidmətləri barədə məlumat verdi və konqresin işinə uğurlar arzuladı. Sonra çıxış edən Azərbaycan Tibb Universitetinin rektoru, professor Gəray Gəraybəyli də bu konqresin ölkəmizin ictimai sosial həyatında mühüm hadisə olduğunu vurğuladı, yerli mütəxəssislərin konqresdən faydalanacağına əmin olduğunu bildirdi. Natiqlər – Milli Məclisin Səhiyyə Komitəsinin sədri, akademik Əhliman Əmiraslanov, Rusiya Xalqlar Dostluğu Universitetinin professoru, akademik Fazil Qurbanov, Avrasiya Qastroenteroloji Assosiasiyasının sədri, professor Hasan Özkan, Gürcüstan Cərrahlar Cəmiyyətinin sədri, professor G.Tomadze də konqresin əhəmiyyətindən və mərhum akademik B.Ağayev barədə xatirələrindən çıxış edərək konqresin işinə  uğurlar arzuladılar.  Azərbaycan Cərrah və Qastroenteroloqlar Cəmiyyətinin sədri, akad. M.A.Topçubaşov adına Elmi Cərrahiyyə Mərkəzinin direktoru, professor Rauf Ağayev konqres iştirakçılarını salamlayaraq öz çıxışında ölkə səhiyyəsinin müasir standartlara cavab verdiyini bildirdi və konqresin xarici qonaqlarının ölkəmizin və paytaxtımız Bakı şəhərinin gözəlliklərindən, xalqımızın qonaqpərvərliyindən məmnun qalacaqlarına əmin olduğunu bildirdi. Konqresin açılış mərasimində Türkiyə və İtaliya Respublikasının səfirləri, Rusiya, Qazaxıstan və Gürcüstan Respublikalarının səfirliklərinin nümayəndələri və Azərbaycan Respublikasının millət vəkilləri də iştirak etdilər.

4 gün ərzində 4 seksiyada keçirilən tədbir ümumi cərrahiyyə və transplantologiyanı, hepatoqastroenterologiyanı, plastik cərrahiyyə və ürək- damar cərrahiyyəsini əhatə etmişdir. Bu seksiyalarda 162 çıxış olmuşdur. Onlardan 123-ü xarici ölkə alimləri tərəfindən edilmişdir. Prof. S.Yılmaz (Türkiyə), prof. A.Baranski (Hollandiya), prof. B.Baymakhanov (Qazaxıstan), prof. G.Tomadze (Gürcüstan), prof. R.Satava (ABŞ), prof. M.Ryska (Çexiya), prof. R.Kianmanesh (Fransa), prof. Abdel-Wahab (Misir), prof. Sh.Pelletier (ABŞ), prof. Skipenko (Rusiya), prof. T.Piardi (Fransa), prof. A.Afrasiabi (İran), prof. E.Mazza (İtaliya), prof. İ.Konstantinov (Avstraliya), prof. Ə.Məmmədov (Azərbaycan) və digər məşhur alimlərin məruzələri maraqla dinlənilmiş və auditoriya tərəfindən yüksək qiymətləndirilmişdir. Konqres materialları 620 tezisdən ibarət toplu şəklində dərc edilmiş, konqres iştirakçılarına Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin Elmi Tibbi Şurası tərəfindən 36 kredit balla dəyərləndirilmiş  sertifikatlar təqdim olunmuşdur.  

Geniş yerli həkim auditoriyası Şimali Amerika, Avropa, Asiya, Afrika və  Avstraliya qitələrini təmsil edən məşhur alimlərlə öz təcrübələrini, bilik və bacarıqlarını bölüşdürərək inkişaf etmiş ölkələrin müasir texnologiyalardan istifadə etməklə müxtəlif xəstəliklərin diaqnostika və müalicəsində əldə olunmuş nailiyyətləri konqres günlərində mənimsəmişlər və bu ölkə səhiyyəsinin inkişafında növbəti uğurlara təkan verəcəyi əminliyi yaradır.