Mərkəzin dünyanın bir sıra aparıcı elmi-kliniki mərkəzləri ilə sıx əlaqələri mövcuddur. Demək olar ki, hər il Mərkəzin təşəbbüsü və rəhbərliyi ilə respublikada beynəlxalq tədbirlər təşkil edilir. Mərkəzin 50-ə yaxın əməkdaşı dünyanın bir sıra klinikalarında ixtisasartırma kurslarında və elmi ezamiyyətlərdədir. Elmi Cərrahlıq Mərkəzinin sıx əməkdaşlıq etdiyi mərkəzlərdən biri Almaniyanın Haydelberq Üniversitetinin Mannhaym Cərrahlıq Klinikasıdır. 2005-ci ildə akademik B.A.Ağayevin bu klinikaya səfəri zamanı bağlanmış əməkdaşlıq müqaviləsinə əsasən indiyə qədər mərkəzin 30-dan çox əməkdaşı bu klinikada olmuş, müxtəlif sahələrdə cərrahi vərdişlərə yiyələnmişlər.
Bu gün də Mannhaym Cərrahlıq Klinikası ilə elmi-kliniki əməkdaşlıq uğurla davam edir. Hər il həmin klinikanın professorlarının iştirakı ilə yeni cərrahi texnikalara və biliklərə yiyələnmək üçün uğurlu bir model olan Almaniya-Azərbaycan Cərrahlıq Günləri keçirilir.
Bundan başqa Mərkəz Türkiyə, Rusiya, Ukrayna, İran və bir sira dövlətlərin aparıcı klinikaları ilə sıx əməkdaşlıq edir. Həmin klinikaların 6 əməkdaşı bizim Mərkəzin Fəxri Professorlarıdır. Bu əməkdaşlığın nəticəsi kimi Mərkəzdə pankreas cərrahlığı, laporoskopik və az invaziv cərrahlıq Avropa standartları əsasında təşkil edilmiş, molekulyar-bioloji və gen faktorlarının cərrahi xəstəliklərin patogenezi və müalicəsinin nəticələrinə təsiri yönümündə fundamental elmi tədqiqatlara başlanılmış və 2 əməkdaşımız Almaniyada “Medikal Dok- r”adını almışlar.
Beynəlxalq əlaqələrin möhkəmlənməsi və daha da inkişaf etdirilməsində Elmi Cərrahlıq Mərkəzinin də iştirakı və təşkilatçılığı ilə keçirilən Beynəlxalq Avrasiya Cərrah və Qastroenteroloqlar Konqreslərinin müstəsna rolu olmuşdur.
Bu Konqreslər dünyanın müxtəlif ölkələrində keçirilməklə 1997, 2003, 2006 və 2008-ci illərdə Bakıda keçirilmişdir. Bu konqreslərdə dünyanın ən qabaqcıl universitet klinikalarında çalışan cərrah və qastroenteroloqların iştirak etməsi və onlarla qarşılıqlı elmi əlaqələrin qurulması gənc həkimlərimizin həmin klinikalarda ixtisasartırma kurslarında olması və öz təcrübələrini artırmasına şərait yaratmışdır.
Pedoqoji fəaliyyət
Elmi Cərrahiyyə Mərkəzi eyni zamanda Azərbaycan Tibb Universitetinin cərrahı xəstəliklər II kafedrasının kliniki bazasıdır (kafedra müdiri prof. R.M.Ağayev). Kafedranın professor, dosent və assistentlərin mərkəzin müxtəlif kliniki şöbələrində pedoqoji məşğələlərlə yanaşı geniş praktiki fəaliyyətlə məşğul olmaları cərrahiyyə sahəsi üzrə kadrların hazırlanmasında imkanları xeyli artırmış olur.
Yuxarı kurs tələbələrinin mərkəzin səhər konfranslarmda, xəstələrin əməliyyata hazırlanmasında iştirak etmələri, reanimasiya şöbəsində növbə keçirmələri, treninqlərin aparılması və s. dərs keyfıyyətini xeyli yaxşılaşdırır.
Həmçinin Ə.Əliyev adına Həkimləri Təkmilləşdirmə institutunun ümumi cərrahiyyə-I kafedrası Elmi Cərrahiyyə Mərkəzində baza kimi fəaliyyət göstərir.Respublikanın müxtəlif bölgələrində çalışan həkim-cərrahlar bizim mərkəzdə ixtisas artirma kursları keçirlər (Kuratorlar: Prof.Məmmədov Ə.Ə Prof. Saidova F.X Prof. Müslümov Q.F T.e.d Kazımov I.Z)
Mühazirələrin, praktiki məşğələlərin və əməliyyatların gedişini, müayinə metodlarını əks etdirən görüntülərin ən yeni texniki vasitələrlə göstərilməsi gündəlik dərs prosesində tətbiq olunur.
Akademik B.A.Ağayevin təşəbbüsü və rəhbərliyi ilə 2005-ci ildə “Cərrahiyyə” elmi praktiki jurnalı təsis edilmişdir.
2005-ci ildə təsis edilmiş “Cərrahiyyə” jurnalı Azərbaycan Cərrah və Qastroenteroloqlar Cəmiyyətinin çap etdiyi elmi praktik nəşridir.
Jurnalda cərrahiyyənin, qastroenterologiyanın, anesteziologiya-reanimatologiyanın, onkologiyanın və ümumi xarakter daşıyan elmi məsələlərə həsr olunmuş məqalələr çap olunur. Jurnal ildə 4 dəfə çap olunur. Məqalələr Azərbaycan, ingilis və rus dilində qəbul olunur. Jurnalın səhifələrində azərbaycan alimləri ilə yanaşı xarici ölkələrdən alimlərin məqalələrinə geniş yer verilir. Jurnalın baş redaktoru professor R.M.Ağayevdir. Məsul katib t.ü.f.d. Musayev B.V. Redaksiya heyətinə Azərbaycanın görkəmli cərrahları, onkoloqları, uroloqları və qastroenteroloqları daxildirlər.